Em 2006 fazia cinco anos que acontecia o Encontro Nacional de Estudantes de Administração Pública - ENEAP. Durante a Plenária Final do V ENEAP, na UNESP - Araraquara, havia a proposta de se criar uma Federação para o curso. Porém, com a pouca presença de estudantes e desarticulação entre os outros cursos, a idéia não pôde se concretizar, mas foi a Florianópolis e foi junto da esperança de se realizar o maior ENEAP até então já visto.

Foi assim que no dia 08 de julho de 2007, formou-se uma Comissão de Fundação da FENEAP, tendo como membros os representantes estudantis Leandro Damasio (ESAG / Fpolis) Amanda (USP-Leste), Stefânia (UNESP-Araraquara), Felipe Dagostini (ESAG / Baln. Camboriú), Luis Carlos (UNB) e Luisa Barbosa (FJP-MG).

A Comissão compôs a Carta de Floripa, lida na Plenária Final do ENEAP FLORIPA 2007, sendo assim considerada fundada a Federação Nacional dos Estudantes de Administração Pública.

Chegou-se à conclusão de que era necessária uma organização que representasse todos os estudantes desse curso, que vive um momento de ascensão no cenário nacional, oferecendo suporte e promovendo o intercâmbio de informações entre os cursos das diferentes regiões do país. Em edições anteriores do ENEAP, que anualmente reune centenas de alunos, já se havia discutido essa possibilidade, que se tornou realidade a partir de 2007.

Ainda nesse ano, a Diretoria Executiva decidiu que os estudantes de cursos como Gestão Pública e Gestão de Políticas Públicas também seriam representados pela Federação, já que estes estão intimamente ligados à Administração Pública.

No 7º ENEAP, que ocorreu em julho de 2008 em Ouro Preto/MG, a FENEAP teve sua segunda diretoria eleita, alcançando 1 ano e meio de existência como uma pequena, porém crescente federação, contando com mais de 170 estudantes no seu grupo de discussões virtual.

No 8º ENEAP, que ocorreu entre os dias 31 de Julho e 03 de Agosto de 2009 em Águas de Lindóia/SC, a FENEAP teve sua terceira e atual diretoria eleita por aclamação. A gestão Crescimento vem com proposta de fortalecimento e reestruturação da Federação para que ela possa acompanhar seus representados.